Созданный ключ с помощью SSH keygen, не видьте, что папка использует filezilla

Согласно Вашему сообщению Ваш сервер *, отклоняют машину. Поэтому .ssh является скрытой папкой. Необходимо позволить Клиенту FTP (здесь Filezilla) показать скрытые каталоги/файлы. Впоследствии .ssh каталог обнаружится.

При использовании той же учетной записи она должна обнаружиться. Если Вы не находитесь на машине окон. Может быть опциями показать скрытые файлы и каталоги (в Unix, .ssh является скрытым каталогом).

Иначе можно попытаться использовать scp для копирования файла

scp ~/.ssh/id_dsa remoteserver.com:~/.ssh/

ЕСЛИ Вы можете войти в удаленный сервер, но аутентификация с открытым ключом не работает,
это могло быть потому что .ssh файлы не находятся в home область, что Вы присматриваете за Вами вход в систему.

Вы попытались смотреть на файлы журнала на сервере?

/var/log/messages
# Any, other server specific logging? maybe you need to enable it?

Я не использовал FileZilla непосредственно, не имейте деталей.
Должен быть некоторый способ пойти подробный и проверить то, что перестало работать на подлинном пути.

Пара SSH ключевая аутентификация очень требовательна в отношении полномочий. Я не попытался бы настроить папки и ключи с приложением FTP. Существует много полных учебных руководств об установке пар ключей, например, здесь.