Насколько я понимаю, Windows не поставлется ни с чем, что позволило бы Вам определить свою собственную файловую систему, не добавляя некоторый код к ядру (т.е. драйвер). Таким образом, Вам были бы нужны права администратора.
В 2010 FAQ FUSE упоминает несколько потенциальных альтернатив, но они все были похожи на призрачный продукт за исключением Dokan. От Dokan отказались, но некоторые ветвления, живые на: Dokanx, Dokany, и больше а также по крайней мере два .NET привязка. Dokany имеет компонент SSHFS.