Я ищу бесплатно распространяемую программу, которая сравнивает два двоичных файла друг с другом и может сделать следующие вещи:
Если Вы знаете программу как это, отправьте.
учитывая Ваши требования, я советовал бы писать сценарий Python или жемчуг. оба языка сделают, чтобы соответствующая библиотека поддерживала, чтобы позволить Вам выполнить безотносительно операций, которых Вы желаете на данных файла.
Я был бы удивлен, существует ли существующая программа, которая делает все, что Вы хотите - без некоторого уровня работы по программированию.
Гну diffutils может сделать часть этого и существует сравнение некоторых инструментов в Википедии