Я использую PDFCreator для создания PDFs, и я всегда встраиваю все шрифты для удобства.
В Окне настроек нажмите Formats для расширения панели Formats. Для встраивания шрифтов нажмите на вкладку Fonts и установите флажок "Embed all fonts" и снимите флажок "Subset fonts when percentage of used characters below".