Если сервер локален, можно хотеть изучить создание долей Samba, которые будут вести себя точно как стандартная доля Windows, если настроено правильно.
FTP и SCP также приходят на ум. Если бы этот сервер будет достигнут через Интернет, я настоятельно рекомендовал бы SCP.
WinSCP имеет большую утилиту командной строки, а также соответствующую графическую версию.
Если сервер расположен в Вашей "локальной" сети (т.е.: не через Интернет), это могло бы на самом деле быть значительно меньше стычки для установки SMB (т.е.: Windows), совместно используют на сервере Linux и позволяют Вашему полю Windows получить доступ к нему тем способом.
В зависимости от Вашей конфигурации сервера, если может уже иметь необходимое программное обеспечение установленный (Samba) - проверяют Ваш диспетчер пакетов на большее количество деталей.
Другой подход был бы scp/sftp. Если у Вас есть сервер SSH, работающий на машине Linux, можно использовать scp/sftp инструменты для передачи файлов (таких как шпаклевка - http://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/download.html):
C:\> pscp image.gif dave@linuxhost:www/images/site