Да, но это может быть медленно по сравнению с другими инструментами, которые делают то же задание.
cipher /w:X
Замените буквой диска X
для Вашего флеш-накопителя.
Помните это единственное свободное пространство перезаписей, поэтому удалите все файлы сначала.
Можно также использовать sdelete из http://technet.microsoft.com/en-us/sysinternals/bb897443