Далее объяснить:
Перечислите содержание текущего каталога (любой одно):
ls .
ls
Перечислите содержание корневого каталога (где бы вы ни были):
ls /
Перечислите содержание корневого каталога (где бы вы ни были):
ls ~
Таким образом, Ваша первая команда перечислила содержание каталога, который был (вероятен) не тот, в котором Вы были. Если Вы задаетесь вопросом о своем текущем каталоге, попробовать
pwd
Подсказка, которую Вы видите, не всегда показывает полный путь, с тех пор который занял бы весь экран. Можно изменить это, но это не желаемо.