Существует способ создать символьные ссылки в Windows, загрузить инструмент Junction с Microsoft и использовать его для создания символьной ссылки (На NTFS, они реализованы, поскольку соединение указывает). И затем создайте \cygdrive\c каталог и создайте форму точки соединения это к c:\
md \cygdrive\c
junction \cygdrive\c \
Теперь это может или не может работать, у меня нет cygwin установленным. Это полагается:
Если Вы называете cygwin-не-зная программы от удара cygwin и передаете пути как аргументы как
$ windowsProgram.exe "pathArg1" "pathArg2"
затем, возможно, преобразуйте каждый pathArg в "$ (cygpath-w pathArg)" т.е. скажите
$ windowsProgram.exe "$(cygpath -w pathArg1)" "$(cygpath -w pathArg2)"
. Ужасный, но должен работать?