Я обычно (в Windows) пакет каталог в единственный файл с Pkzip 2.5,
pkzip25 -add -dir ...
который рекурсивно включает подкаталоги и их содержание. Проблема, с которой я встретился, состоит в том, когда подкаталоги начинаются с точки, например, .settings каталога, созданного Eclipse; Pkzip не входит в те каталоги. Я ничего не могу найти об этом в тексте справки или на Google; существует ли способ зафиксировать это поведение?
Согласно руководству pkzip 2.5, pkzip рассматривает, как скрытый все имена, которые запускаются с точки.
Попытайтесь добавить параметр "-filetype=all" для обработки файлов со всеми типами файлов (включает скрытый).