На моей машине Windows 7, если я я перехожу к Программам По умолчанию, все медиа-файлы связаны с Windows Media Player, и флажки ассоциации отображаются серым. Как я могу зафиксировать это?
Вы не можете сделать этого в Windows. Можно только не связать программу по умолчанию путем соединения его с другой программой по умолчанию.
Можно сделать это с Редактором Программ По умолчанию все же. Любой флажок может быть неконтролируем.