Что должно я делать, поскольку Subversion отказывается фиксировать после того, как я переместил некоторые файлы

Если Вы работаете с Подверсией, Вы не можете только переместить файлы, потому что репозиторий Подверсии не будет знать то, что произошло. Что касается репозитория, только что исчезли файлы. Если Вы хотите переместить файлы, необходимо сделать это через Подверсию; точная процедура варьируется в зависимости от того, как Вы получаете доступ к Подверсии (командная строка, TortoiseSVN, и т.д.).

Я не думаю, обновляя, повредил бы Ваши данные, но я еще не буду советовать ему. Подверсия обновит Вашу рабочую копию с последним пересмотром из репозитория; я не совсем уверен, что Подверсия сделала бы с двумя новыми неимеющими версию файлами, лежащими вокруг. Моя догадка - то, что это не коснулось бы их, но я не уверен.

Лучшая вещь для Вас, чтобы сделать, вероятно, кладут обратно файлы к их исходному местоположению и затем перемещают их снова, на этот раз с помощью Подверсии. Таким образом, Вы сохраняете истории файла.