Восстановление системы в Windows влияют на установку Ubuntu через Wubi?

Довольно вероятно, что это попытается восстановить boot.ini - наряду со строкой, которая позволяет Вам загрузить Wubi.

Это должно назвать одну вещь, которая могла бы пойти не так, как надо.