Emacs окружают проблему режима

Это - коды vt100 для цветного дисплея (который обычно включается по умолчанию на большинстве дистрибутивов Linux сегодня). Оболочка Emacs не обрабатывает vt100 управляющие коды.

Узнайте ли Ваш ls команда искажается.

which ls

Это похоже как следующее или что-то подобное?

ls: alias to ls --color=tty

Раз так необходимо будет найти, где этот псевдоним установлен, и не исказите его или изменитесь, как это называют.

Ваша оболочка знает, что работает в оболочке emacs, если параметр среды EMACS установлен на t. Можно сделать что-то как следующее для установки альтернативных функций. Я использую zsh, таким образом, это содержит некоторые объекты, характерные для той оболочки.

## for emacs
if [[ $EMACS = "t" ]] then
   PROMPT="%# "  # make the prompt simple
   unsetopt zle  # turn off advanced line editting

   ls_pager=( cat ) # ls is simple piped to cat
   ls_flags=( -A )  # default ls flags
fi

Для удара Вы можете Вы просто исказить ls

alias ls='ls -A'