Начальная загрузка от USB

Нисколько, если Вы не говорите дистрибутиву Linux устанавливать на Вашем жестком диске. Если Вы просто работаете от USB, необходимо быть в порядке. Просто не устанавливайте или делайте что-либо к своему жесткому диску.

Все хранится в RAM (если распределение usb сделано правильно), и таким образом не влияние на что-либо Вашего жесткого диска ОС, если Вы (как Drake говорит), устанавливают приложение к жесткому диску или редактируют/удаляют файлы на жестком диске сами, поскольку RAM являются энергозависимой памятью (подразумевать, что данные потеряны, когда питание выключено), http://en.wikipedia.org/wiki/Volatile_memory

Если Вы загружаетесь от живой версии CD, Ваш жесткий диск должен быть прекрасным.