Первой вещью, которая приходит на ум, является FFmpeg.
Для создания водяных знаков это - что-то как:
ffmpeg -i input.avi -vhook 'vhook/imlib2.so -x 0 -y 0 -i overlay.png' output.avi
Где overlay.png является водяным знаком.
То, что Вы в основном хотите сделать, должно поместить это в Ваш workthrough и выполнить его на каждом файле в проекте, и он должен сделать задание.
Можно создать сценарий с использованием Java Xuggle, как объяснено здесь https://stackoverflow.com/questions/1559691/ffmpeg-watermark-without-vhook
Другой очень популярный инструмент является ffmpeg, таким образом, можно погуглить для ffmpeg, делает водяные знаки и получает много способов сделать его.
Да, используйте FFMPEG. Необходимо будет использовать -vhook
переключите и укажите watermark.dll.
затем можно сделать сценарий пакетной обработки, например:
cd "C:\path\to\videos"
for /r %%i in (*) do @ffmpeg -i %%i -vhook "C:/ffmpeg/bin/vhook/watermark.dll -m 1 -f watermark.png" -ar 44100 %%i.flv
замена C:\path\to\videos
с папкой, содержащей видеофайлы.