Как я могу отобразить ключ для программы X-окна?

Вы могли записать сценарий для изменения ключей с xmodmap когда Вы запускаете acroread (и возвратите их, после того как acroread закрылся.)

Например,

#!/bin/bash

xmodmap -e "keycode 44 = Next"
xmodmap -e "keycode 45 = Prior"
/usr/bin/acroread 
xmodmap -e "keycode 44 = j J"
xmodmap -e "keycode 45 = k K"

Вместо того, чтобы выполнить acroread непосредственно, Вы запускаете этот скрипт.