В большинстве систем, включая Linux, если часы не очень выключены, ntpd не устанавливает часы, это вместо этого варьируется продолжительность секунды, так, чтобы часы медленно стали в синхронизацию с ведущим устройством.
Это называет скос часов, и это выгодно, потому что обычно лучше в течение секунды быть немного неправильным, чем в течение многих секунд быть пропущенным, или еще хуже, восстановленным.