Где WinSCP хранит пароль сайта?

Конфигурационный файл хранится или в реестре Windows или при использовании портативной версии, в файле INI. (См. документацию.) Местоположение реестра:

HKEY_CURRENT_USER\Software\Martin Prikryl\WinSCP 2

Можно всегда экспортировать настройки в файл INI путем нажатия Export в предпочтительном диалоговом окне.

Обратите внимание, что Ваши пароли не хранятся в тексте, но кодируются. Хотя трудный для дешифрования это не невозможно.