Существует ли программа, которая регистрирует это или по крайней мере позволяет мне видеть в режиме реального времени, какой процесс работает который ядро? Я не думаю, что диспетчер задач вполне делает любой из них.
Вы хотите Проводник Процесса: http://technet.microsoft.com/en-us/sysinternals/bb896653.aspx
Для решения командной строки можно интересоваться pslist утилитой, которая является частью pstools комплекта. Я боюсь, что это не показывает привязку процессора, но это позволит Вам зарегистрироваться, какие процессы работают и как долго.
Официальный сайт для pstools может быть найден здесь.
Можно также понравиться к Google за статью 'PsTools Primer' Wes Miller.