Удаление Папок $NtUninstall из каталога Windows

Те папки связаны с обновлениями от Microsoft. При удалении их Вы не сможете удалить обновления регулярно, которые Вы, вероятно, не хотите удалять их так или иначе из соображений безопасности!

Таким образом, нижняя строка, если Вы не планируете удаление обновлений, безопасно удалить папки.