Ciphere.exe /d /s *.*
/d должен дешифровать.
/s должен сделать тот каталог и подкаталоги.
Самый легкий метод, о котором я могу думать - Переходит к Проводнику, настраивает поля, чтобы показать флагу шифрования затем просто вид этим и выделить зашифрованные файлы, затем щелкнуть правой кнопкой к свойствам и не зашифровать их.