Как я могу выполнить бизнес/программирование/интеллект-карту, 'моделирующий' в 3-м?

В теории нет никакой причины, Вы не могли расположить диаграмму UML в 3D. В действительности Вы почти наверняка потеряли бы больше, чем Вы полученный путем выполнения так. 3D среда работает хорошо, когда Вы представляете физические объекты, и люди могут коснуться размеров хорошо. В случае UML, однако, размещения объекта почти произвольны для начала, так расширяются в третий размер, ничего действительно не получает.