Windows Explorer - Разность два файла из контекстного меню?

Кажется, что Вам нужно различное расширение!

Это расширение оболочки (различное расширение) позволяет запустить инструмент сравнения файлов для 2 или 3 файлов (в зависимости от инструмента) в том же каталоге или "сохранить" файл для более позднего сравнения. Это действует как внешний список файлов нового используемого (MRU) для инструмента сравнения.

Я использую его с KDiff3, но существует много других различных инструментов на странице, с которой это может использоваться.