Существует ли способ открыть только определенные URL в Internet Explorer?

Судите селектора браузера.

Это позволяет Вам выбрать, с которым браузером должны быть открыты ссылки из внешних программ (включая Проводник, управляя Рабочим столом).

Существует опция всегда открыть URL интранет с определенным браузером (IE в Вашем случае для SharePoint).

Единственным путем Вы могли сделать, это должно будет создать отдельные ярлыки на ссылки, которые Вы не хотели открывать в своем браузере по умолчанию. И даже затем, это только работало бы при нажатии на те ярлыки для открытия их.