Существует Perl плюс MIME:: Base64:
perl -MMIME::Base64 -e 'undef $/;while(<>){print encode_base64($_);}'
Это прибывает предварительно установленное. Можно указать отдельные файлы на командной строке (или снабдить данными на стандартном входе); каждый файл отдельно кодируется. Можно также сделать:
perl -i.txt -MMIME::Base64 -e 'undef $/;while(<>){print encode_base64($_);}' file1
Это создает резервную копию file1 к file1.txt и пишет Основе 64 закодированных вывода по исходному файлу.