После нескольких фиксаций я решил к удаленному файл, который стал ненужным. Я сделал так, нажал корень Сайта и нажал "Check In".
Все файлы, которые изменились во время последней фиксации, находятся в том списке, все же не файл, который я удалил. (afaik это должен показать его как Удаленный),
Можно удалить файлы из репозитория. Переключитесь на представление Repository в панели Files, выберите файл (файлы), Вы хотите удалить, и нажать Delete. При запросе подтвердите, что Вы хотите удалить файл (файлы).
из http://help.adobe.com/en_US/Dreamweaver/10.0_Using/WS80FE60AC-15F8-45a2-842E-52D29F540FED.html
Отказ от ответственности: Я использую DW и SVN, но никогда не использовал их вместе.