Я не могу говорить с использованием X11 их, но обычно: дополнительные значения цвета, которые не могут быть произведены в меньших битовых глубинах и альфа-каналах.
От примеров, которые Вы даете, они не используются вообще, так как 24 битовых значения просто повторяются (немного как практика использования только 3 шестнадцатеричных символов для представления цветов "websafe", таким образом, #c00 означает то же как #cc0000 или 204,0,0, расширенный на #cccc00000000).
32-разрядные значения обычно использовали бы последний байт для альфа-канала (прозрачность). Я предполагаю, что возможно, что 48-разрядные значения используют 24-разрядные цвета с независимой альфой на цвет, но примеры, которые Вы даете, не поддерживают это.