Взгляните на настольные команды, можно сохранить рабочий стол в файл, сказать наверху проекта и затем использовать настольный dir изменения для того проекта, и он загрузит файлы.
Взгляните на документацию относительно сохранения сессий. http://www.gnu.org/software/emacs/manual/html_node/emacs/Saving-Emacs-Sessions.html#Saving-Emacs-Sessions
Это - think-outside-the-box решение:
Я использую средство запуска ENSO на своих окнах, и более, чем удовлетворено им.
выберите файлы, которые Вы хотите открыть в проводнике или общем командующем или где угодно
просто нажмите кнопку ENSO и тип open with emacs
и престо :)
Я знаю, что это не emacs решение, но это - очень полезный инструмент для повышения производительности.