Как я могу настроить Emacs для выполнения pdflatex, а не латекса на ЛАТЕКСНОМ файле, когда я ввожу C-c C-f (tex-файл)?
Можно сделать это путем установки латексной команды выполнения; см. emacs руководство. Что-то вроде этого в Вашем .emacs должно сделать это:
(setq латексная команда выполнения "pdflatex")
Можно временно переключить AucTeX на режим PDF с CTRLctp. Делать это изменение постоянным набором
(TeX-PDF-mode t)
в Вашем ~/.emacs
файл.