Как файлы Linux и приложения организованы?

В соответствии с каталогами Linux в корневой папке / размечаются согласно Стандарту Иерархии Файловой системы. Обычно каждый использует диспетчер пакетов, обеспеченный распределением, чтобы установить и удалить программное обеспечение. Существует также несколько мест, где конфигурационные файлы хранятся (прежде всего в /etc/) и иногда они должны быть отредактированы пользователем. Иначе должно быть мало потребности бездельничать за пределами Вашего корневого каталога.

При установке программного обеспечения вручную, Вы обычно не хотите устанавливать в системные каталоги как /usr/bin/, /bin/ или /sbin/ или /usr/sbin/. Вместо этого вручную установленное программное обеспечение должно использовать /usr/local/ вместо этого для предотвращения столкновений с программным обеспечением, установленным с диспетчером пакетов и который эффективно имеет ту же структуру как / (т.е. для ручного использования установки /usr/local как префикс)

При установке программного обеспечения за пределами обычной структуры оболочка не могла бы найти исполняемые файлы, и двоичные файлы не могли бы найти библиотеки, против которых это было связано. Двоичные файлы разыскиваются во всех каталогах, перечисленных в переменной оболочки $PATH то, что можно корректироваться. То же содержит для $LD_LIBRARY_PATH который содержит список каталогов для поиска библиотек при разрешении зависимостей от ссылки (см. man ld).

(Примечание: выше содержит много из "обычно" и "обычный". Это вызвано тем, что никто не вынуждает Вас следовать некоторому (разумному) стандарту - Вы свободны выстрелить себе в ногу.)

Википедия имеет большую статью об этом. Кавычка от самой полезной части той статьи:

В FHS все файлы и каталоги появляются под корневым каталогом "/", даже если они хранятся на различных физических устройствах. Обратите внимание однако, что некоторые из этих каталогов могут или не могут присутствовать в системе Unix в зависимости от того, установлены ли определенные подсистемы, такие как X-оконная система.

Большинство этих каталогов существует во всех операционных системах UNIX и обычно используется почти таким же способом; однако, описания здесь - используемые специально для FHS и не считаются авторитетными для платформ кроме Linux.

• / Основная иерархия корневой и корневой каталог иерархии целой файловой системы.
• /bin/ Существенные двоичные файлы команды, которые должны быть доступными в однопользовательском режиме; для всех пользователей, например, кошка, ls, CP.
• /boot/ Файлы загрузчика, например, ядра, initrd; часто отдельный раздел [8]
• /dev/ Существенные устройства, например,/dev/null.
• /etc/ Определенные для хоста конфигурационные файлы в масштабе всей системы (название происходит от и так далее [9]).
• /etc/opt/ Конфигурационные файлы для/opt/.
• /etc/X11/ Конфигурационные файлы для X-оконной системы, версии 11.
• /etc/sgml/ Конфигурационные файлы для SGML.
• /etc/xml/ Конфигурационные файлы для XML.
• /home/ Корневые каталоги пользователей, содержа сохраненные файлы, персональные настройки, и т.д.; часто отдельный раздел.
• /lib/ Библиотеки, важные для двоичных файлов в/bin/и/sbin/.
• /media/ Точки монтирования для съемных носителей, таких как CD-ROM (появился в FHS-2.3).
• /mnt/ Временно смонтированные файловые системы.
• /opt/ Дополнительные пакеты прикладного программного обеспечения [10].
• /proc/ Ядро документирования виртуальной файловой системы и состояние процесса как текстовые файлы, например, время работы, сеть. В Linux, соответствует Procfs, монтируются.
• /root/ Корневой каталог для пользователя root.
• /sbin/ Существенные системные двоичные файлы, например, init, IP, монтируются.
• /srv/ Сайт-специфичные данные, которые подаются системой.
• /tmp/ Временные файлы (см. также/var/tmp). Часто не сохраненный между системными перезагрузками.
• /usr/ Вторичная иерархия для пользовательских данных только для чтения; содержит большинство (мульти-) пользовательские утилиты и приложения. [11]
• /usr/bin/ Несущественные двоичные файлы команды (не нужный в однопользовательском режиме); для всех пользователей.
• /usr/include/ Стандарт включает файлы.
• /usr/lib/ Библиотеки для двоичных файлов в/usr/bin/и/usr/sbin/.
• /usr/sbin/ Несущественные системные двоичные файлы, например, демоны для различных сетевых служб.
• /usr/share/ Архитектурно-независимые (общие) данные.
• /usr/src/ Исходный код, например, исходный код ядра с его заголовочными файлами.
• /usr/X11R6/ X-оконная система, версия 11, выпуск 6.
• /usr/local/ Третичная иерархия для локальных данных, характерных для этого хоста. Обычно имеет дальнейшие подкаталоги, например, мусорное ведро/, lib/, доля/. [12]
• /var/ Переменные файлы — файлы, содержание которых, как ожидают, постоянно изменится во время нормального функционирования системы — такой как журналы, буферные файлы и временные почтовые файлы. Иногда отдельный раздел.
• /var/lib/ Информация состояния. Персистентные данные, измененные программами, поскольку, они работают, например, базы данных, упаковочные системные метаданные, и т.д.
• /var/lock/ Файлы блокировки. Файлы, отслеживающие использующихся в настоящее время ресурсов.
• /var/log/ Файлы журнала. Различные журналы.
• /var/mail/ Почтовые ящики пользователей.
• /var/run/ Информация о рабочей системе начиная с последней начальной загрузки, например, в настоящее время зарегистрированные пользователи и рабочие демоны.
• /var/spool/ Шпулька для задач, ожидающих, чтобы быть обработанным, например, очереди печати и непрочитанная почта.
• /var/spool/mail/ Местоположение устаревшее для почтовых ящиков пользователей. /var/tmp/ Временные файлы, которые будут сохранены между перезагрузками.
• /var/www/ Файловые иерархии веб-сайта (местоположение по умолчанию для веб-сайтов, подаваемых Apache).