Я могу сказать Машине времени Apple копировать единственную папку?

Если Вы переходите к пункту меню для ТМ, в выпадающем меню объект, "Делают резервное копирование теперь" (или некоторая такая строка, я использую другой язык). Это сразу начнет добавлять все измененные объекты, включая все новые файлы в той папке.

Если Вы только хотите ту папку, я не знаю о прямом пути, возможно, вещь командной строки будет работать. Но я выбрал бы пункт меню, который я просто упомянул.