Действительно поджалит каталог влияет на создание/чтение/обновление производительности много маленьких файлов в substed объеме? (будет использовать svn там), Если да, насколько серьезный "штраф"?
Я использую диски subst'd все время, включая с различными управлениями версиями и сборками и никогда не видел неисправности; я не волновался бы об этом.