Одно серьезное основание состоит в том, что при удалении чего-то из банки Вы рискуете повреждать зависимости других классов в банке. Но, я соглашаюсь, что это балует пользователя, который может знать то, что может безопасно быть удалено.
Можно работать вокруг этого достаточно легко путем переименования банки в .zip файл, и управляя ею с любимым .zip редактором (Windows File Explorer сделает это). Переименуйте его назад к .jar, когда Вы будете сделаны. Файлы банки используют стандартную упаковку zip и сжатие...