Почему никакие папки приложения не создают в домашней папке?

Поскольку они не должны быть созданы.

Файлы и папки как .vim которые начинаются с точки, условно, скрыты от пользователя, если специальная опция не указана: необходимо запуститься ls -a или устанавливает опция "View hidden files" в Вашем файловом менеджере (Ctrl+H также работает). Эта конвенция только значима при применении к корневому каталогу пользователя и его потомкам, и основном использовании для хранения определенной для пользователя конфигурации (KDE хранит свои настройки в ~/.config, Использование GNOME, что также, независимо с ~/.gconf и несколько других). Они часто создаются автоматически, когда приложение запущено, или его настройки изменяются, но они не обязаны.

Когда Вы устанавливаете приложение через APT с инструментами как apt-get или aptitude, это распространяется, связанные с пакетом файлы по всей файловой системе (проверьте типичный список файлов на пакет). Это устанавливает исполняемые файлы в /usr/bin, библиотеки в /usr/lib, документация в /usr/doc вместе с /usr/man, и так далее. Все эти каталоги не являются определенными для пользователя: они не имеют никакого отношения к Вашему корневому каталогу. APT никогда не знает об этом. Dotfiles (и папки) только используются приложением, не диспетчером пакетов.

Вообразите большой мейнфрейм с тысячей пользователя. Когда новый пакет установлен, Вы не хотели бы обновлять все корневые каталоги пользователей: это создает путаницу в них, это может вмешаться в их существующую конфигурацию, и наконец, который тратит впустую дисковое пространство!

Если Вы просто хотите настроить Ваш vim конфигурация, создайте .vim каталог путем выполнения mkdir ~/.vim.