Да, Вы можете с возможностями для каждого процесса в Улучшенном Безопасностью Linux, который был частью Ubuntu в течение прошлых двух лет. Будьте подготовлены к крутой кривой обучения.
Я нашел достаточно хорошее решение с использованием липкого бита и inotify объединенным. Идея проста, если мы установим липкий бит на каталоге, то пользователи не смогут удалить файлы, принадлежавшие другим пользователям, но все еще смогут записать в них, если полномочия файла установили правильно.
Так, мы делаем следующее:
$ chmod a+t dir
$ while inotifywait -e close_write dir; do chmod a+rwx dir/*; sudo chown root:root dir/*; done
Первая строка устанавливает липкий бит. Второй постоянно ожидает изменений в нашем каталоге и так же, как приложение заканчивается с записью в файл, это позволяет всем пользователям получать доступ к нему и затем изменяет владельца того файла. Владелец не должен быть корнем, он будет работать с любым другим пользователем также.
Таким образом в конце мы заканчиваем с перезаписываемыми файлами, которые не может удалить приложение. Точно, в чем я нуждался.