В Leopard OS X (10.5 и позже)
У Тигра OS X (10.4 и ранее):
Я предполагаю, что у Вас есть Leopard, терминал которого значительно улучшен по Tiger.
Меню терминалов-> вкладка Preferences-> Settings-> Усовершенствованный-> Bell.
Удалите галочку "У слышимого звонка"
(btw, мой не подает звуковой сигнал насколько я могу сказать, даже при том, что та установка включена для меня),
Установки системы-> звук-> затем выбирает, аварийный звук [выбирают то, что Вы хотите]
затем выход и вновь открыл терминал.