W3 предлагает сетевой инструмент для проверки на неработающие ссылки здесь: http://validator.w3.org/checklink. Если неиспользованными файлами Вы имеете в виду файлы, которые не связаны с веб-сайтом, Вы не можете проверить на файлы, которые находятся на сервере, которые не связаны с. Обычно не возможно запросить содержание каталога от веб-сервера, таким образом, нет никакого способа проверить на неиспользованные файлы в этом отношении.