Да это довольно просто. Предположение, что Вы устанавливаете сетевой ресурс, можно просто сделать:
unison.exe e:\photos \\other\photos
Я обычно просто автоматизирую его с
unison.exe e:\photos \\other\photos -auto
Безотносительно переключателей командной строки Вы используете между Windows, и Linux будет работать здесь.
UI также работает точно также.