можно попробовать это:
Перейдите к каталогу, где NetBeans был установлен (например, netbeans-6.8 в/usr/local), и запустите./uninstall.sh сценарий.
sudo /usr/local/share/netbeans-6.8/uninstall.sh
и в других случаях, если jdk расположен в другой папке (как этот не находится в netbeans-6.8 папке),
sudo /usr/local/share/netbeans-6.8/uninstall.sh --javahome /usr/local/share/jdk1.6.0_05/
ИЛИ можно считать это
http://www.karthikeyanc.com/blog/index.php/2009/12/how-to-uninstall-netbeans-from-ubuntu/