Можно попробовать: rm -f example.txt
Или touch example.txt && rm -f example.txt
(обновите метку времени на файле сначала),
Или chmod 777 example.txt && rm -f example.txt
(набор, читаемый, записываемый, исполняемый затем, удаляет его).
Как предложено выше, fsck
хорошая идея также.
Зависит от используемой файловой системы, но большую часть времени необходимо проверить файловую систему с fsck (вариант его, независимо от того, что файловая система).