Для внешних дисков, которые будут только когда-либо использоваться с Linux, я всегда переформатировал их с ext3 так, чтобы были сохранены расширенные атрибуты. Однако, если внешний диск будет использоваться с несколькими Ose затем, я использую ntfs. Поддержка Linux NTFS является очень сформировавшейся.