Bootcamp говорит Вам, или установочный CD Windows говорит Вам? Если последний, просто отформатируйте раздел с помощью встроенной утилиты установщика Windows (другими словами, как часть процесса установки).
Можно отформатировать раздел из OSX использование Дисковой утилиты, но можно только отформатировать его к FAT, не NTFS.