Из http://en.wikipedia.org/wiki/File_system_permissions#Octal_notation:
0 --- no permission
1 --x execute
2 -w- write
3 -wx write and execute
4 r-- read
5 r-x read and execute
6 rw- read and write
7 rwx read, write and execute
Первое число представляет владельца, второго группа и третье все. Так 654 означал бы чтение и запись для владельца, читать и выполниться для группы и только чтения для всех остальных.
Это обозначает -rw-r-xr--
. См. также chmod страницы справочника.