Какое-либо программное обеспечение существует для тонкой настройки моей системы Ubuntu для удаления хлама?

Попробуйте тонкую настройку Ubuntu.

Описание функций Ubuntu Tweak на его веб-сайте:

В настоящее время Это только разработано для Ubuntu Рабочий стол GNOME и часто следует за новейшим распределением Ubuntu.

* View of Basic System Information(Distribution, Kernel, CPU, Memory, etc.)
* GNOME Session Control
* Auto Start Program Control
* Qucik install common usded applications
* A lot of third-party sources to keep application up-to-date
* Clean unneeded packages or cache to free the disk space
* Show/Hide and Change Splash screen
* Show/Hide desktop icons or Mounted Volumes
* Show/Hide/Rename Computer, Home, Trash icon or Network icon
* Tweak Metacity Window Manager’s Style and Behavior
* Compiz Fusion settings, Screen Edge Settings, Window Effects Settings, Menu Effect Settings
* Set the Shortcuts to let qucikly access your favourite applications
* GNOME Panel Settings
* Nautilus Settings
* Advanced Power Management Settings
* System Security Settings

Необходимо также изучить deborphan и debfoster пакеты, которые помогают Вам избавить себя от пакетов, которые больше не необходимы.

Править: Свяжитесь с моим ответом на подобный вопрос, тот, который имеет примеры того, как debfoster и deborphan используются на практике.