Как Вы устанавливаете переменные среды на Windows Server 2008 R2, конкретно переменная ПУТИ? Источник Microsoft Help предоставляет консультацию, которая не соответствует экранам и опциям, которые я вижу на своем сервере.
От домашней страницы консоли Server Manager можно нажать на Change System Properties на правой стороне.
Затем нажмите на Вкладку "Дополнительно" и кнопку Environment Variables...