Как удалить Acrotray.EXE

Я проверил бы msconfig снова, он, возможно, был повторно включен.

Это должно показывать ту же информацию MsConfig, но могло бы стоить попробовать этот альтернативный инструмент вместо этого:

AutoRuns

Лучшие инструменты для чистки автоматических запусков, реестра и файлов и т.д. являются CCleaner.