Вы попытались установить специализированные настройки KWin для Emacs? Если Вы щелкаете правой кнопкой по строке заголовка Emacs и выбираете Усовершенствованный-> Специальные Параметры настройки приложения, необходимо получить определенные для приложения настройки, которые будут использоваться каждый раз, когда Emacs открывается. Я выбрал "Активный % Непрозрачности" на вкладке "Preferences", установил ее на 75 и выбрал "Силу" в выпадающем. Emacs теперь придумывает 75%-ю непрозрачность каждый раз, когда он запускается.
Примечание: Я использую KDE 4.4.
Править: Только для ссылки: краткий поиск Emacs + прозрачность придумал это. У меня не было удачи с настройками Emacs также.