Одна опция не состояла бы в том, чтобы создать эти файлы вообще. Посмотрите этот поток https://stackoverflow.com/questions/154443/how-to-avoid-pyc-files
Можно также быстро удалить эти файлы из Наутилуса путем нажатия ctrl+s
, ввод *.pyc
шаблон и удар delete
ключ.
Можно добавить все .pyc имена файлов к a .hidden
файл в том же каталоге. Требует некоторого обслуживания, но если Вы похожи на меня, Вы делаете намного больше изменения существующих файлов, чем создание новых.