На Linux полномочие пользователя root требуется отправить пакет волшебства следа на LAN?

Это зависит от программы, которую Вы используете для отправки пакетов следа на LAN. Некоторые программы используют необработанные пакеты и поэтому требуют корня. Другие программы встраивают волшебную последовательность пробуждения в стандарт трясины пакет UDP и таким образом не требуют корня.

В теории не должно иметь значения, какой пакет Вы используете, пока существует волшебная последовательность следа на LAN где-нибудь в нем. На практике я, кажется, помню, что мой старый рабочий стол отказался просыпаться, когда я использовал сценарий Python, который отправил пакеты UDP, но хорошо работал, если я использовал программу C, которая использовала необработанные пакеты.