Windows 2003 R2, msiexec с/qn опцией не удается установить

Это - очень последний ответ, таким образом, Вы, вероятно, больше не заботитесь, но если бы Вы делаете, я предложил бы выполнить журнал с msiexec /l*v или даже /l*vx и наблюдение, что там. Обычно журнал дает, по крайней мере, подсказку.